Das klingt stressig, aber erstmal tief durchatmen. Zwei Wochen klingt knapp, ist aber machbar. Den Einspruch selbst einlegen ist grundsätzlich möglich – der muss nicht mal begründet werden, du musst nur fristgerecht widersprechen. Das Gericht setzt dann einen Verhandlungstermin an.
Wichtig: Die Frist ist absolut, da gibt’s keine Kulanz. Lieber einen kurzen formlosen Einspruch rausschicken (schriftlich, am besten per Einschreiben) als die Frist verstreichen lassen. Zur Sache selbst würde ich aber definitiv einen Steuerberater oder Fachanwalt für Steuerrecht hinzuziehen, gerade wenn du die Betriebsprüfung schon angefochten hattest – da hängt ja Vorgeschichte dran.